Najstarsze źródła podają, że Młynary zostały założone w 1327 roku, według legendy, przez kilkudziesięcioosobową grupę osadników z Turyngii, wędrującą na wschód, którym przewodniczył Mikołaj Kunin. Nazwali oni gród nad Baudą na pamiątkę miasta z którego przybyli Műhlhausen, co na polski wykłada się Młynary. Młynary zostały założone na prawie chełmińskim. Ze 103 łanów gruntów nadanych miastu, 10 wolnych od opłat przypadł zasadźcy i jego spadkobiercom. Wolne od ciężarów prawa lennego były również 4 łany przydzielone proboszczowi i 12 łanów nadanych wszystkim mieszkańcom miasta do wspólnego użytkowania. Założyciel, Mikołaj Kunin, oprócz ziemi otrzymał dziedziczny urząd sołtysa w Młynarach i Płonnym oraz część wpływów od zasądzonych kar pieniężnych. Do kasy sołeckiej wpływać miała połowa czynszów od łaźni, kramów i ław kupieckich, a drugą połowę otrzymywał Zakon.
Miasto położone w widłach Baudy i wpadającego do niej strumienia, na przecięciu dawnych traktów z Elbląga i Fromborka na Ornetę i Pieniężno oraz z Braniewa do Pasłęka. Średniowieczne miasto założone na planie zbliżonym do kwadratu, z kwadratowym rynkiem po środku z siatką prostopadłych ulic wychodzących z naroży rynku, otoczone kamienno – ceglanymi murami z basztami i dwoma bramami wjazdowymi od wschodu i zachodu. W północno – zachodnim kwartale kościół, w północno – wschodniej części siedziba zarządu lasów komturstwa krzyżackiego do 1410r. Spalone w 1414 i 1455r. W średniowieczu istniały przedmieścia w kierunku Pasłęka i Młynarskiej Woli. Zmiana głównych traktów wpłynęła na zahamowanie rozwoju miasta, które w prawie niezmienionym kształcie dotrwało do XIXw. W okresie Reformacji a potem sekularyzacji Zakonu kościół przejęli protestanci. Nowy etap dla miasta rozpoczął się
z chwilą otwarcia linii kolejowej Berlin – Królewiec. {Powstały wtedy tartaki, młyny, nastąpił rozwój , który na szczęście nie doprowadził do istotnych zmian w układzie starego miasta. Zburzono część murów, wzniesiono kościół katolicki. W czasie ofensywy radzieckiej miasto zostało zburzone w 80% i do dziś nie zostało w swej historycznej części odbudowane.
Niegdyś mieszkańcy Młynar posiadali dwa browary i dwie słodownie, a wieść
o niepowtarzalnym smaku piwa rozchodziły się wszelkimi możliwymi drogami, nie wspominając już
o nazwie samego produktu – „Jasne Piwo Młynarskie”.
Młynary podczas swojego istnienia często niszczone były przez choroby, wojny i pożary.
W 1628 roku miasto zostało zajęte przez Szwedów, którzy ograbiwszy z wszystkiego co cenne opuścili je. Od 1713 roku przez 3 lata trwała budowa ratusza z muru pruskiego, który mieścił się w centralnym punkcie miasta, gdzie obecnie znajduje się rynek miejski. W 1807 roku do Młynar wkroczyły wojska napoleońskie. Ich pobyt w mieście trwał przeszło rok Pod Młynarami miała również miejsce bitwa Kozaków z Francuzami w 1813 roku. W 1871 roku, w ogromnym pożarze, który nawiedza miasteczko płonie m. in. jego wizytówka Ratusz Miejski. Prawa miejskie Młynarom przywrócono w styczniu1984 roku .